1、因为南京城内有一处名为“石头城”的景点，这里曾经是南京非常重要的军事要塞，同时也曾是南京的中心，所以人们才会将南京称之为“石头城”石头城的历史要从战国时期开始说起。周显王三十六年楚威王出兵越国，在取得战争胜利之后不仅将越王给杀害，还侵占了越国多处城池，这其中的就包括吴地。为了便于管理这些多出来的疆域，楚威王在此设立了金陵邑。除此之外，他还下令在此地的清凉山上修筑城池。

2、百年之后秦国统一六国，金陵邑在成为秦朝疆域之后被更名为秣陵县。等到了三国时期，因诸葛亮认为此地“钟山龙蟠，石头虎踞，真乃帝王之宅也”故而孙权听取他的建议将都城迁移至秣陵。来到此地之后孙权先是将它的名字改为建业，后又在原有清凉山城池的基础上修建了一座石头城。因这座石头城利用自然形成的石墙作为城墙的一部分，从而得名“石头城”

3、因为清凉山毗邻长江，所以石头城一直被视为重要军事要塞，也因此引来无数人竞相争夺。在隋唐时期，这座石头城也属于南京的核心地区。但是随着长江江水的不断西移，它的军事价值也随之削弱，故而中心地区慢慢丧失。石头城惨遭废弃之后，刘禹锡还曾为它写了一首名叫《石头城》的诗作。进入五代十国后，石头城中因为修建了一座兴教寺而再次受到百姓关注。再之后便就是明朝时期下令修建的南京城墙，这石头城也是其中的一部分。

4、因为这座石头城在历史上曾经担任过非常重要的角色，它那“石城虎踞”之名更是远近驰名，所以人们一度非常习惯于用“石头城”来称呼南京。石头城也因此成为南京诸多别称中的其中一个。